Genomische Datenanalyse SoSe2005

Hier finden Sie die in den Übungsgruppen behandelten Themen, die ausgeteilten Zettel und weiteres Material.

Ausgabe: 17. Mai 2005
Abgabe: 31. Mai 2005
Projektbeschreibung
Daten und Packages zum Projekt
Das Biostrings Package von Bioconductor ist für dieses Projekt sehr nützlich. Es ist unabhängig von übrigen Bioconductor Packages und kann deshalb isoliert installiert werden. Wir haben Versionen zur Installation unter Linux und unter Windows bereit gelegt. Auf Linux Rechnern können Sie Packages auch lokal installieren:
Dann installiert R in lib/R in Ihrem Home-Verzeichnis und Sie brauchen keine Schreibrechte auf der globalen Installation von R. Ein so installiertes Package müssen Sie in R wie folgt aufrufen:
Unter Windows können Sie die Option "Install from local zip files..." aus dem "Package" Menu benutzen.

Datum: 12. Mai 2005
Stoff: Übungsblätter 1 bis 3
Resultate der Klausur Die Gesamtnote des Übungsscheins setzt sich aus dem Notenmittel der beiden Übungsklausuren zusammen. Um die beiden Übungsklausuren fairer mitteln zu können haben wir ausnahmsweise auch die Zwischennoten 4.3 und 4.7 zugelassen. In der Gesamtnote wird es jedoch nur 1.0-4.0 als bestanden und 5.0 als nicht bestanden geben.

Datum: 14. Juni 2005
Stoff: Projekt 1 und Übungsblätter 4 bis 8 inklusive Zusatz über lineare Algebra
Resultate der zweiten Klausur zu den Übungen sind jetzt online. Wer insgesamt durchgefallen ist, kann nicht zur Klausur zur Vorlesung antreten. Dafür gilt man aber auch nicht als angemeldet zur Vorlesung, also gibt es keine zwei, sondern nur einen Malus-Punkt.

Ausgabe: 14. April 2005
Besprechung: ab 21. April 2005
Übungszettel
Eine wichtige Bemerkung zur Bilder-Reproduktion: Leider haben wir nicht mehr die Original-Daten auf denen die Bilder basieren, daher wird es passieren, dass die erzeugten Plots nicht identisch, sondern nur sehr ähnlich aussehen werden. Ausserdem genügt es, die Bilder, die auf den Goethe-Shakespeare Daten beruhen, zu reproduzieren.
Einführung in R [ pdf ]
Präsentation von der ersten Vorlesungsstunde
Daten für die Bilder Reproduktion. Entpacken z.B. mit tar xvf data.tar
Code zum Einlesen der Daten. Es genügt, sich die beiden Funktionen access.data() und do.something(vpoem) anzuschauen. Die eigentliche Routine zum Einlesen der Daten repro.data(spath) musst Du nicht verstehen, um die Aufgabe zu erfüllen.
Hier noch eine andere Möglichkeit, die Daten direkt aus dem Netz in R zu laden:
loadURL("http://lectures.molgen.mpg.de/statistik/material/1/Gedichte.rdat")

Ausgabe: 21. April 2005
Besprechung: ab 28. April 2005
Übungszettel 2 und Übungszettel 2b
Damit das Skript getNCBI funktioniert muss in R das package Biostrings installiert sein (dazu z.B. in R folgenden Befehl eingeben: install.packages(Biostrings,CRAN=getOption("BIOC"))).

Ausgabe: 5. Mai 2005
Besprechung: ab 12. Mai 2005
Übungszettel 4
Hinweis für Windows Benutzer: loadURL funktioniert nur, wenn mode="wb" angegeben wird. z.B.
> loadURL("http://lectures.molgen.mpg.de/statistik/material/4/datenUe4.rda", mode="wb")