Lectures by the
Computational Molecular
Biology Department at the
Max Planck Institute for
Molecular Genetics
Biologische Sequenzanalyse SoSe2003
Softwarepraktikum; Begleitseminar; Seminar für Masters-StudentInnen
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Praktikum |
Begleitseminar |
Masters-Seminar |
| Nr. |
19 716 |
19 717 |
19 719 |
| SWS |
4 |
2 |
2 |
| Credits |
9 |
3 |
3 |
| Termine |
nach Absprache
der Teilnehmer |
Mo. 17:15-19:00 |
Mo. 17:15-19:00 |
| Raum |
nach Absprache,
MPI PC Pool 3. Stock |
MPI Seminarraum 3. Stock
Ihnestraße 73
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MPI Seminarraum 3. Stock
Ihnestraße 73
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| Dozenten |
Sven Rahmann
Stefan Röpcke
Martin Vingron
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Sven Rahmann
Stefan Röpcke
Martin Vingron
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Sven Rahmann
Stefan Röpcke
Martin Vingron
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Abgabe des Softwareprojektes:
Freitag 30.5. bei Stefan Röpcke.
Die Seminarvorträge der Praktikumsteilnehmer sollen bis zum 19.5. abgeschlossen sein; ab Juni finden die Vorträge der Masters-Studenten statt.
| Datum |
Thema |
Vortragende(r) |
| 7.4. | Vorbesprechung | |
| 14.4. | fällt aus | (Kernel-Workshop) |
| 21.4. | fällt aus | (Ostern) |
| 28.4. | Übungsvortrag | |
| 5.5. | Chaining
Banded Alignment
| Sven Mielordt
Dietrich Herrmann |
| 12.5. | Alignment mit linearem Platzbedarf
| Benjamin Schuster |
| 19.5. | Konvexe Gapkosten
| Philip Groth |
| 26.5. | fällt aus | (Praktikumsabgabe nicht vergessen) |
| 2.6. | fällt aus | (Erholung vom Praktikum) |
| 9.6. | fällt aus | (Pfingsten) |
| 16.6. | Jumping Alignments
| Holger Meyer |
| 23.6. | Längennormalisiertes Alignment
| Alex Finck |
| 30.6. | Schnelleres Alignment mit Table-Lookups
| Roland Böhrenz |
| 7.7. | Kombination von phylogenetischen Modellen mit HMMs
| Utz Pape |
| 14.7. | Parametric Alignment
| Wasinee Rungsarityotin |
- Praktikum:
-
Genaueres folgt.
- Seminar:
-
Genaueres folgt.
Allgemein
-
Dan Gusfield
Algorithms on Strings, Trees, and Sequences
Cambridge University Press
Umfassendes einsteigerfreundlich geschriebenes Buch zur Sequenzanalyse mit eindeutig algorithmischer Ausrichtung.
-
Gonzalo Navarro und Mathieu Raffinot
Flexible Pattern Matching in Strings
Cambridge University Press
Praktisches orientiertes Buch über viele Varianten von String-Matching Problemen. Kaum Beweise; legt den Fokus eher auf die in der Praxis schnellsten Algorithmen.
Zum Softwarepraktikum
-
Herbert Schildt
C++: The Complete Reference, Third Edition
Osborne McGraw-Hill
Sehr empfehlenswertes Kompendium über C und C++.
Homepage der Abteilung Computational Molecular Biology am Max-Plack-Institut für Molekulare Genetik.
Zum Studiengang Bioinformatik an der FU Berlin.
Anmerkungen und Fragen zu dieser Seite bitte an Sven Rahmann. Letzte Änderung: 06. Mai 2003 |