Algorithmische Bioinformatik WS 2008/2009

Vorlesung für Studierende des Bachelor-Studienganges Bioinformatik

Diese Grundvorlesung nimmt einen zentralen Platz im Bachelor-Studiengang ein und wird daher während des Semesters mit einem erheblichen Arbeitsaufwand für die Teilnehmenden verbunden sein. Veranschlagt sind 20 Stunden pro Woche. Jede Woche gibt es zu der vierstündigen Vorlesung eine zweistündige Übung zu verschiedenen Terminen (Themenübersicht). Im Anschluss an das Semester findet ein obligatorisches Praktikum statt.

Praktikum

Die Teilnahme am Praktikum ist obligatorischer Bestandteil der Übungen. Es findet vom 13. bis zum 23. Februar 2009 statt. Am 13. gibt es eine Vorbesprechung von 10 - 14 Uhr im Seminarraum SR007/008 in der Arnimallee 6. Die ganztägige Nachbesprechung findet von 10 - 17 Uhr im Seminarraum SR031, ebenfalls in der Arnimallee 6 statt. Für den Hauptteil vom 16. bis zum 20. wird der Computerpool der Abteilung Vingron am MPI für molekulare Genetik bereitstehen. Sie sollten für das Praktikum wieder Gruppen bilden; Die empfohlene Größe ist drei Personen.

Das Material zum Praktikum.

Übungstermine

Es wird feste Zuordnungen zu den drei angegeben Terminen geben. Zur ersten Vorlesung wird eine Liste herumgehen, in die jeder seine bevorzugten Termine einträgt. Unter Versuchung der Berücksichtigung der Wünsche wird dann eine verbindliche Aufteilung vorgenommen.
Zwei Teilnehmer können nachfolgend untereinander den Termin tauschen. Ein solcher Termintausch bitte per E-mail an Roland Krause melden.

Gruppen

Nicht alle Erstwünsche, aber alle Zweitwünsche konnten berücksichtigt werden. Angegeben sind die letzten vier Ziffern der Matrikelnummer.

Gruppe 1, Mi. 14-16 Uhr
0507, 1310, 1420, 1649, 1885, 3310, 3547, 3671, 4016, 5751, 5880, 7891, 7990, 8548, 9051

Gruppe 2, Mi. 16-18 Uhr
0624, 0933, 3905, 3971, 4940, 5298, 5340, 5740, 5958, 7234,7644, 8052, 8107, 9983

Gruppe 3, Do. 12-14 Uhr
0841, 0956, 1192, 1288, 4170, 4716, 5338, 5953, 6034, 7260, 7406, 7896, 9546

Übungsgruppen

Teilnehmer können sich Gruppen von maximal drei Personen bilden, die ein Übungsblatt gemeinsam bearbeiten und abgeben.
Bei Abgabe der alten Übungsblätter bitte deutlich die Nummer der Übungsgruppe kennzeichnen.

Beurteilung der Übungen

Alle Übungen müssen abgegeben werden und 75% jeder Aufgabe müssen gemacht werden. Montags in der Vorlesung werden sowohl die neuen Übungsblätter ausgeteilt, als auch die alten eingesammelt.
Bei der Besprechung der Übungen zu den Übungsgterminen besteht Anwesenheitspflicht. Jeder kann zum Vorrechnen einer von ihm abgegebenen Aufgabe aufgerufen werden. Übungen müssen vorgerechnet werden können, sonst gilt die abgegebene Lösung nicht.

Benotung

Eine Zwischenklausur findet am 5. Januar um 12:00 h statt. Raum wird noch bekanntgegeben. Die gesamte Veranstaltung wird mit einer Note bewertet werden, die sich zu 20% aus der Note dieser und zu 80% aus der Note der Hauptklausur am Semesterende zusammensetzt.

Literatur

• Durbin, Eddy, Krogh, Graeme: Biological sequence analysis - Probabilistic models of proteins and nucleic acids. Cambridge University Press
  Die Standardreferenz, umfasst die Sequenzbioinformatik, ist aber knapp gehalten. Es existiert ein empfehlenswertes Übungsbuch.
• Haubold, Wiehe: Introduction to Computational Biology - An evolutionary approach. Birkhäuser.
  Eine Einführung mit Fokus auf Phylogenie. Mehr Erklärungen als bei Durbin et al.
• Deonier, Tavare, Waterman: Computational Genome Analysis. Springer Science and Business Media, Inc.
  Ein umfassendes Lehrbuch für die Sequenzbioinformatik mit Beispielen und einer Einführung in R. Wendet sich eher an Informatiker und Physiker.
• Zvelebil, Baum: Understanding Bioinformatics. Garland Science
  Ein ausführliches Lehrbuch, bebildert und mit vielen Beispielen. Umfasst den gesamten Vorlesungsstoff, teilweise aber nicht in der nötigen Tiefe.
• Mount: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Cold Spring Harbor Press.
  Ein Lehrbuch, das sich vornehmlich an Biologen wendet. Umfasst die Sequenzbiologie und die Strukturbiologie.
• Skript von Knut Reinert