Praktikum zur Algorithmischen Bioinformatik, WS 02/03

Team

Prof. Dr. Martin Vingron (Martin.Vingron@molgen.mpg.de)
Hannes Luz (Hannes.Luz@molgen.mpg.de)
Dr. Tobias Müller (Tobias.Mueller@molgen.mpg.de)
Sven Rahmann (Sven.Rahmann@molgen.mpg.de)
Stefan Röpcke (Stefan.Roepcke@molgen.mpg.de)

Zeitplan

Das Praktikum wird wie die Übungen in zwei Gruppen, einer Freitag- und einer Samstag-Gruppe, durchgeführt.
 Gruppe I Gruppe II
Teil 1: Besprechung der Aufgaben, Vorstellung der Programme, Beispiele Fr. 14.2.2003, 9.00 h - 15.00 h Sa. 15.2.2003, 11.00 h - 15.00 h
Selbständige Bearbeitung der Aufgaben am PC 14.2. bis 21.2. 15.2. bis 22.2.
Teil 2: Abgabe und Besprechung der Lösungen Fr. 21.2.2003, 9.00 h - 15.00 hSa. 22.2.2003, 11.00 h - 17.00 h

Für jeden Praktikumsteilnehmer gibt es also zwei anwesenheitspflichtige Termine, zwischen denen eine Woche zur Bearbeitung der Aufgabe Zeit ist.

Ort

Der Veranstaltungsort ist das Max Planck Institut für Molekulare Genetik, Ihnestr. 73, Hauptgebäude, dritter Stock (Abteilung Vingron) im dortigen PC-Raum.

Details zum Ablauf

Jedem Teilnehmer des Praktikums wird nach dem ersten Praktikumstag hier ein Datensatz zum Herunterladen zur Verfügung gestellt. Dieser Datensatz stellt die Ausgabe eines Sequenzierprojekts dar und besteht aus Fragmenten eines Klons mit einer durchschittlichen Länge von 400 bp. Die Aufgabe für die Teilnehmer besteht darin, die genomische Sequenz aus den Fragmenten zu rekonstruieren und anschliessend mit den Werkzeugen der Bioinformatik zu untersuchen. (Hinweis: Die Länge der Sequenzen, die Sie rekonstruieren sollen, wird zwischen 38 und 62 kB betragen.)

Grob kann man diese Aufgabe wie folgt gliedern:

  1. Finden Sie heraus, von welchem Organismus die Sequenzdaten stammen und ob bzw. welche Gene vorliegen. (Stichworte: assembly, repeats, vector screening, gene prediction, ESTs, homology)

    Dieser Teil kann von allen Teilnehmern prinzipiell mit den gleichen Methoden bearbeitet werden. Hier ist eine Liste von Programmen und Internet-Diensten, die dazu nützlich sein können:


  2. Haben Sie Gene gefunden? Gibt es einen Bezug zu einer Krankheit oder können sie etwas über die Evolution der Gene auf dem Genom sagen? Welche Domänenarchitektur, Struktur und welche Funktionen haben die Genprodukte? Entscheiden Sie nun individuell über Ihr weiteres Vorgehen, um weitergehende Aussagen machen zu können.

Bemerkung: Die hier aufgeführte Liste von Links und Sites ist exemplarisch und unvollständig. Selbstverständlich können und sollen alle Programme, Internet-Dienste und Datenbanken benutzt werden, die zur Bearbeitung der Aufgabe nützlich sind.

Datensätze

hier

Schriftliche Zusammenfassung der Ergebnisse

Geben Sie bitte eine schriftliche Zusammenfassung Ihrer Untersuchungen und Ergebnisse am Ende des Praktikums ab. Diese sollte ungefähr zwei bis drei Seiten umfassen. Was den Stil der Zusammenfassung betrifft, können Sie sich z.B. an der Story vom 'Brustkrebsgen' BRCA1 orientieren.

Fragen wegen des Praktikums an Hannes Luz (luz@molgen.mpg.de), Tel.: 8413 1154