6.2.2003: Bitte nutzen Sie intensiv die Aufgabensammlung (Probeklausur) und die gesammelten Übungsblätter zur Klausurvorbereitung!
8.1.2003: Frohes Neues Jahr! Blatt 9 kann am Montag (13.1.) abgegeben werden. Blatt 10 wird trotzdem am 9.1. ausgegeben, aber vom Umfang her geringer ausfallen. Bitte nutzen Sie jetzt schon die Zeit, um sich auf die Klausur vorzubereiten.
Die aktuelle Version des Skriptes über den von Knut Reinert gehaltenen Teil der Vorlesung erhalten Sie hier als [.ps.gz] oder als [.pdf]. Das Skript stammt von Daniel Huson und Knut Reinert.
11.11.2002: Erinnerung: Der Abgabetermin für die gehefteten Übungszettel ist am Donnerstag vor der Vorlesung. Lose Blattsammlungen und zu spät abgegebene Zettel werden nicht berücksichtigt.
Exemplarische PERL-Skripte zu Übungsblatt 2 können jetzt heruntergeladen werden.
30.10.2002: Neue Informationen zum Praktikum (siehe unten). Bitte reservieren Sie die erste Woche der vorlesungsfreien Zeit (Freitag 14.2. bis Samstag 22.2.) für die Bearbeitung der Praktikumsaufgaben.
24.10.2002: Neue Termine für die Übungsgruppen:
Allgemeines");?> In dem Kurs werden Grundkentnisse der algorithmischen Bioinformatik vermittelt.
Die Belegnummer für die Vorlesung ist 19561 und 19562 für die Übungen.
Die Veranstaltung findet jeweils
statt. Veranstaltungsraum ist
Vorlesungssprache: Deutsch.
Team");?>
Prof. Dr. Martin Vingron
(Martin.Vingron@molgen.mpg.de)
Sprechstunde: Donnerstags 12:00-14:00 im ZIB,
Zimmer 4035 (2. OG, Rundbau), oder nach Vereinbarung
Dr. Antje Krause
(Antje.Krause@molgen.mpg.de)
Hannes Luz
(Hannes.Luz@molgen.mpg.de)
Dr. Tobias Müller
(Tobias.Mueller@molgen.mpg.de)
Sven Rahmann
(Sven.Rahmann@molgen.mpg.de)
Prof. Dr. Knut Reinert
(reinert@inf.fu-berlin.de)
Dr. Alexander Schliep
(Alexander.Schliep@molgen.mpg.de)
Übungen");?>
Es gibt zwei Übungsgruppen. Beide Übungen finden Montags statt, und
zwar von 12:30 bis 14:00 (Gruppe 1) im großen Hörsaal der
Mathematik (gegenüber vom pi-Gebäude), und von 14:15 bis
15:45 (Gruppe 2) im Raum SR 007/008 im pi-Gebäude.
An jedem Donnerstag wird in der Vorlesung ein Übungszettel ausgeteilt. Blatt 1 wurde am 24.10. ausgegeben. Die Abgabe erfolgt eine Woche später ebenfalls in der Vorlesung. Musterlösungen werden in den Übungsgruppen diskutiert. Gelöste Aufgabenzettel werden korrigiert und benotet; zu spät abgegebene Zettel werden als nicht gelöst bewertet.
Zuständig für die Übungen und damit Ansprechpartner bei Rückfragen ist Sven Rahmann (Sven.Rahmann@molgen.mpg.de)
Praktikum");?> Zusätzlich zu den vorlesungsbegleitenden Übungen finden im Anschluss an die Übungen ein Praktikum statt. Das Praktikum ist verbindlicher Bestandteil (50%) der Übungen (siehe auch unter Benotung). Das Praktikum findet wie die Übungen in zwei Gruppen statt. Die Bearbeitungszeit für die Praktikumsaufgaben beträgt eine Woche. Folgender Zeitplan ist vorgesehen:
| Gruppe I | Gruppe II | |
| Teil 1: Vorstellung der Programme, Verteilung und Vorbesprechung der Aufgaben | Fr. 14.2.2003 | Sa. 15.2.2003 |
| Selbständige Bearbeitung der Aufgaben am PC | 14.2. bis 21.2. | 15.2. bis 22.2. |
| Teil 2: Abgabe der Lösungen, Nachbereitung der Aufgaben | Fr. 21.2.2003 | Sa. 22.2.2003 |
Die Note des Übungsscheins ergibt sich zu 50% aus dem Anteil der erfolgreich bearbeiteten Übungsaufgaben und zu 50% aus der erfolgreichen Bearbeitung der Aufgaben im Blockpraktikum.
Literatur");?> Die Vorlesung folgt weitgehend dem Buch: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis von David W. Mount. Präsenzexemplare sind im Semesterhandapparat der Mathematik-Bibliothek vorhanden.
Parallel zur Vorlesung wird ein deutschsprachiges Skript erstellt; dieses wird gegen Semesterende zum Dowload bereitstehen.
Links zu weiterfüuhrender Literatur folgen im Laufe der Vorlesung. Agenda");?>
| Termin | Datum | Vortragender | Themen | Übungen |
| 1. | 17.10. | Vingron |
Organisatorisches (Eintragung in die Übungsgruppen).
Überblick: Was ist algorithmische Bioinformatik?
Datenbanken. Übung um 14ct: Wiederholung Stochastik |
|
| 2. | 21.10. | Vingron | Genregulation, Gewichtsmatrizen, Sequenzlogos, Log-odds score. (Mount: Chapter 8) | |
| 3. | 24.10. | Vingron | Elementare Methoden zur Genvorhersage (prokaryotisch, eukaryotisch), Coding capacity. (Mount: Chapter 8) | Blatt 1 |
| 4. | 28.10. | Vingron | RNA Sekundärstruktur I. Strukturelemente. Darstellungsformen. Nussinov Algorithmus. | |
| 5. | 31.10. | Vingron | RNA Sekundärstruktur II. Zuker Algorithmus, MFOLD Programm. Suboptimale Lösungen. | Blatt 2 |
| 6. | 4.11. | Rahmann | Evolution I. Evolutionäre Markov-Prozesse. Jukes-Cantor-Modell. | |
| 7. | 7.11. | Rahmann / Luz | Evolution II. Distanzschätzung mit evolutionären Markov-Prozessen. Phylogenetische Bäume. Maximum Parsimony. | Blatt 3 |
| 8. | 11.11. | Luz | Evolution III. Fitch-Algorithmus für Maximum Parsimony. Distanzbasierte Methoden: UPGMA, Neighbor-Joining. | |
| 9. | 14.11. | Vingron | Evolution
IV. Maximum-Likelihood-Baumrekonstruktion. Bootstrap-Werte. Primärsequenzanalyse von Proteinen. |
Blatt 4 |
| 10. | 18.11. | Rahmann | Algorithmen zum Sequenzvergleich I. Scorematrizen. Globales Alignment, lokales Alignment. Lineare, affine, und allgemeine Gap-Kosten. | |
| 11. | 21.11. | Rahmann | Algorithmen zum Sequenzvergleich II. Alignment mit linearem Platzbedarf. | Blatt 5 |
| 12. | 25.11. | Krause | Datenbanksuchmethoden. BLAST, FASTA, BLAT. | |
| 13. | 28.11. | Schliep | Hidden-Markov-Modelle: Grundlegende Algorithmen | Blatt 6 |
| 14. | 2.12. | Schliep | Hidden-Markov-Modelle: Datenbanksuche, Profil-HMMs | |
| 15. | 5.12. | Rahmann | Alignment-Statistik | Blatt 7 |
| 16. | 9.12. | Reinert | Physikalische Kartierung | |
| 17. | 12.12. | Reinert | Shotgun Sequenzierung, Sequenzassemblierung | Blatt 8 |
| 18. | 16.12. | Reinert | Sequencing by Hybridization | |
| 19. | 19.12. | alle | Review | Blatt 9 |
| Weihnachtsferien | ||||
| 20. | 6.1. | Reinert | Multiples Alignment | |
| 21. | 9.1. | Reinert |
Multiples Alignment Skript von Knut Reinert und Daniel Huson [.ps.gz] [.pdf] |
Blatt 10 |
| 22. | 13.1. | Vingron | Motivsuche | |
| 23. | 16.1. | Schliep | Genefinding mit HMMs | Blatt 11 |
| 24. | 20.1. | Steinke |
Proteine:
Bausteine, Strukturhierarchien, Klassifikation Skript von Thomas Steinke [.pdf] |
|
| 25. | 23.1. | Steinke |
Proteine: Strukturvorhersage, Threading, Homology Modeling Skript von Thomas Steinke [.pdf] |
Blatt 12 |
| 26. | 27.1. | Huisinga Cordes |
Proteine: Modellierung, Potentialfunktionen, Dynamik, Docking,
numerische Verfahren Skript von Wilhelm Huisinga und Frank Cordes [.pdf] |
|
| 27. | 30.1. | Vingron | Clustering und Klassifikation | Blatt 13 |
| 28. | 3.2. | Krause | Proteinclustering | |
| 29. | 6.2. | Vingron | Analyse von Genexpressionsdaten | Aufgabensammlung |
| 30. | 10.2. | alle | Review | |
| 31. | 13.2. | alle | Klausur im üblichen Hörsaal | |